运费税是可以抵扣的，运费税是可以用进项税来抵扣。

法律依据

《中华人民共和国增值税暂行条例》第八条:纳税人购进货物或者接受应税劳务(以下简称购进货物或者应税劳务)支付或者负担的增值税额,为进项税额.购进或者销售货物以及在生产经营过程中支付运输费用的,按照运输费用结算单据上注明的运输费用金额和7%的扣除率计算的进项税额.进项税额计算公式:进项税额=运输费用金额×扣除率,准予抵扣的项目和扣除率的调整,由国务院决定.

运费税是需要按照收入标准来算的，一般运费税率是11%，但是年应交增值税销售额小于500万元的小规模纳税人，适用3%的“征收率”。

法律依据

《营业税改征增值税试点实施办法》第十五条的规定，增值税税率：

(一)纳税人发生应税行为，除本条第(二)项、第(三)项、第(四)项规定外，税率为6%。

(二)提供交通运输、邮政、基础电信、建筑、不动产租赁服务，销售不动产，转让土地使用权，税率为11%。

(三)提供有形动产租赁服务，税率为17%。

(四)境内单位和个人发生的跨境应税行为，税率为零。具体范围由财政部和国家税务总局另行规定。

第十六条：增值税征收率为3%，财政部和国家税务总局另有规定的除外。

可以抵扣进项税。一般纳税人的运费发票只要是增值税专用发票，就可以扣除。根据财政部、国家税务总局《关于将铁路运输、邮政业纳入营业税改征增值税试点的通知》(财税[2013]106号)规定，公路、内河运输费用的结算文件不予审核2013年8月1日起作为扣款凭证，2014年1月1日起作为铁路运输费用扣款凭证。增值税专用发票统一使用，按增值税专用发票注明的税额抵扣。

拓展资料：一、增值税发票的相关规定

1. 增值税普通发票的格式、字体、栏号、内容与增值税专用发票完全一致。根据发票副本，分为两份和五份。基本联为两联，第一联为记账联，卖方作为记账凭证;第二张为发票单，买方作为记账凭证使用。此外，为了满足部分纳税人的需要，在基本复印件后增加三份，即五份，供企业选择。

2. 普通增值税发票第二联(发票联)采用防伪纸印制。编码采用专用防伪油墨印制，号码字体为特殊形状体。每个连接的颜色为蓝色、橙色、绿蓝色、黄绿色和紫红色。

3.凡纳入“一机多票”系统(含试运行)的普通纳税人，自纳入之日起使用全国统一的增值税普通发票，通过防伪税控系统开具。普通纳税人已领购但未使用的旧普通发票，主管税务机关应当予以注销或者限期退还税务机关;经税务机关批准使用印有自己姓名的发票的一般纳税人可以暂停将其纳入“一机多票”系统，以避免浪费库存发票。

4. 增值税普通发票的价格由国家发展和改革委员会统一制定。

5.各级税务机关要高度重视"一机多票"制度的试点工作，切实做好普通发票新旧衔接工作。要把握形势，统筹安排，合理安排，确保“一机多票”制度的顺利实施。

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